截至2024年3月，重庆交通大学具有南岸、科学城两个校区，占地面积近2900亩。

南岸校区

重庆交通大学南岸校区位于重庆市南岸区学府大道66号。校区占地面积约500亩。校区内设有土木工程学院、河海学院、交通运输学院、外国语学院、旅游与传媒学院等17个教学机构，建有明德楼、基础实验楼、第一教学楼、第二教学楼、第三教学楼、学术交流中心、交大文创生活馆、体育场等办学生活设施。

科学城校区

重庆交通大学科学城校区位于重庆市双福新区福星大道1号，校区占地2400亩，建筑总面积63·72万平方米，为学校的行政中心，理工学科专业和基础学科专业为主的教学科研园区。截至2024年5月，科学城校区仍在建设中，校内建成包括公共教学楼、德园、礼园学生宿舍和食堂、学生活动中心、土木学科组团、西科院组团、风雨操场等办学设施约45万平方米。校区于2011年9月正式投入使用，有山区桥梁与隧道道国家重点实验室、国家内河航道整治工程技术研究中心等科研机构和15个学院1·5万余名师生入驻，主要承担学校研究生一年级和本科一、二年级的教育教学任务。