学校前身

（一）惠民医院及护士学校

1896年，英国人基督教牧师劳海德、英属加拿大医学博士罗维灵在古城卫辉府治汲县开办博济医院，后迁入新建的惠民医院。“博济医院”在行医的同时也开办有短期各科医士培训教育。1920年，医院扩建后更名为惠民医院。医学教育肇始于1922年惠民医院护士学校，1922年惠民医院创办惠民医院护士学校，招收四年制护理专业学生，由中华护理学会（1923年名为“中华护士会”）颁发文凭，是学校办医学教育的开端。当时惠民医院护士学校与惠民医院院校合一，以半工半学的方式培养学生。

（二）哈利生医院及冀鲁豫边区卫生学校

哈利生医院建立于1947年10月，为冀鲁豫行署医院，因纪念哈利生大夫（加拿大人）而命名。院本部驻阳谷县大布乡郝楼村，另于濮阳（一分院）、聊城（二分院，后与冀鲁豫九专区政民医院合并为聊城市人民医院）设分院，设护士训练队1个。

建国初期

豫北医学专科学校

1949年，平原省成立后，冀鲁豫行署卫生学校和哈利逊医院从山东迁入卫辉，哈利生医院与原惠民医院合并组建了平原省省立医院。1950年，成立平原省医科学校。

1952年11月平原省撤销后，学校由华北行政委员会接管，更名为华北第二医士学校。1953年，国家卫生部决定，将华北第二医士学校迁往河北省通县（现北京市通州区）。

1953年9月，河南省人民政府决定，将郑州第一医士学校、南阳第二医士学校、安阳卫校、濮阳护士学校及华北第二医士学校的附属医院等单位合并，在华北第二医士学校老校址，成立河南省汲县医士学校。同时在1956年7月，河南省汲县医士学校更名为汲县卫生学校。同年8月，河南省汲县卫生学校更名为新乡专区医学院；

改革开放

新乡医学院

1982年，学校升格为本科，正式定名为新乡医学院。1991年，学校办学主体由卫辉搬迁到新乡市新校区，学校开始有序发展1998年6月，学校经国务院学位委员会批准，成为硕士学位授予单位。2006年，学校顺利通过教育部本科教学水平评估并获得优秀。2010年10月，经河南省人力资源与社会保障厅批准，学校成为首批河南省博士后研发基地。次年5月，学校药学院为建站单位的“河南省天然药物研究院士工作站”获批2011年第一批院士工作站。

2012年1月，学校药学院为建站单位的 “河南省神经精神药理研究院士工作站”获批2011年河南省第二批院士工作站。同年的11月，学校“五年制临床医学人才培养模式改革试点”获批教育部、卫生部第一批卓越医生教育培养计划项目试点。

2015年6月，新乡医学院被教育部评为全国毕业生就业典型经验高校。次年，新乡医学院获批为国家“十三五”中西部高校基础能力建设工程（二期）支持高校。2018年1月，学校获批成立河南省高等医学教育发展研究中心。

2020年3月，学校入选国家“111计划”，“免疫与模式动物学科创新引智基地”获审批立项；11月，入选河南省特色骨干学科建设高校名单。2021年12月31日，新乡医学院发布新年贺词，提到更名大学、省部共建相关材料已上报教育部。2022年11月，学校高性能医疗器械行业学院获批2022年度河南省特色行业学院立项建设单位。

2023年5月，《河南省教育厅关于申报设置本科学校的公示》发布，新乡医学院拟更名河南医药大学。同年8月5日，新乡医学院药学学部成立，聘任国家杰青华子春为主任。2023年8月，新乡医学院唐公山校区正式启用，康复学院、继续教育学院等教学单位顺利搬迁入驻。2024年8月，新乡医学院感染与健康学院成立仪式举行。

河南医药大学

2025年5月22日，教育部拟同意新乡医学院更名为河南医药大学。

2025年6月，据学校官方消息，学校已更名河南医药大学。2025年6月9日，中华人民共和国教育部正式发函，同意新乡医学院更名为河南医药大学。