根据上述职责，市水利与渔业局设9个内设机构。

（一）办公室

组织协调局机关日常工作；负责文秘、机要、档案、保密、保卫、信访、信息、宣传、调研、督查、会务、接待、应急管理、后勤服务及业务工作考核等工作。

（二）组织人事科

负责局机关并指导局属单位的组织、人事管理和机构编制工作；负责局机关并指导局属单位离退休人员的管理服务工作；指导全市水利与渔业职工队伍建设。

（三）财务科

负责提出水利与渔业固定资产投资规模和方向；提出水利与渔业财政性资金、行政事业性收费使用计划；提出水利建设投资安排计划；负责市级水利资金和水利与渔业国有资产监督管理工作；研究提出有关水利与渔业的价格、收费、税收、信贷等方面的政策建议；管理、监督国家和省、市拨入各类经费的使用；对全市水利系统的国有资产进行监督管理；负责局机关并指导局属单位的财务工作；指导全市水利经济工作。

（四）水政科（挂市水政监察支队牌子）

负责研究提出全市水利与渔业法制建设规划和依法行政规划，起草有关水利与渔业方面的法规、规章；负责对规范性文件进行合法性审核；负责全市水利法律法规的宣传普及工作；调处部门间和各区县之间的水事纠纷；承办行政复议、应诉工作；负责全市水政、渔政队伍的业务培训和水行政执法监督指导工作；负责全市水利与渔业系统的综合执法与涉水事件的查处；负责推进全市水利与渔业依法行政工作。

（五）规划建设科

起草全市水利发展中长期规划，组织、指导编制水利综合规划和专项规划；承办全市大中型水利基建项目建议书和可行性研究报告以及初步设计的审查、立项申报；编制水利建设年度投资计划；负责全市水利基建工程的建设管理，承担水利建设市场和水利工程质量的监督管理工作，组织实施水利工程项目法人、招标投标、建设监理等制度。

（六）农村水利科（挂科技教育科牌子）

起草全市农村水利的发展规划和政策措施；组织协调农田水利基本建设；指导农田灌溉排水、农村供水工作；组织实施农村饮水安全、节水灌溉等工程的建设与管理；指导农村水利社会化服务体系建设；负责全市水利与渔业科学技术推广、教育、对外合作与交流工作。

（七）经营管理科

起草全市供排水产业的发展规划和政策措施；负责全市供排水行业管理工作；指导全市供排水企业生产经营工作；负责市属供排水企业生产经营工作；负责市属供排水企业的经济指标考核工作；负责全市水利风景区建设与管理工作。

（八）农业水利安全生产办公室

承担农业生产、水利工程、城市供水、水利水电施工、森林防火、农业机械、气象行业领域的安全监管以及相关部门及其监管领域安全生产工作；承担市农业水利安全生产委员会交办的工作任务。

（九）行政许可科

按照有关法律、法规和规章的规定和行业标准，组织实施水利与渔业行政许可事项的许可与监督管理工作。