1、办公室

2、海洋自然资源管理处

3、海域海岛管理处（海洋国土空间规划处）

4、海洋生态修复处

5、海洋自然资源调查与科技处

6、海洋预警监测处（军民融合办公室）

7、海洋督察室

8、安全生产处（船舶管理处）

9、财务与资产管理处

10、人事处

11、离退休办公室

12、机关党委

13、机关纪委