形象标识

中国科学院南京地质古生物研究所所徽上方的三叶虫和下方的树叶表示该所学科方向为古无脊椎动物和古植物学研究；中间所名中“中国科学院”五字系中国科学院首任院长郭沫若手迹，表示要继承中国科学院的优良传统；背景为地球经纬线，其一寓意该所以地球为研究对象，其二寓意该所研究方向是全球性的，其三寓意该所的科研水平是世界一流的；外圈是研究所英文名称，表示该所科学家与国际同行开展学术交流；最下方“1951”表示该所正式成立的年代。

精神理念

南古精神：爱国奉献、学用兼优、严谨创新、勇攀高峰

文化活动

2024年5月30日，由中国科学院南京地质古生物研究所、南京科普教育基地应用协会共同主办的“铭爱党爱国心，践科学家精神”系列讲座暨全国科技工作者日主题科普活动在南京古生物博物馆举办。