根据以上职责，市人民防空办公室内设5个内设机构：

综合科（政策法规科）

负责机关文秘、会议、机要、保密、档案、信息、电子政务、计划生育、工青妇、安全保卫和后勤保障工作；负责机关和所属单位人事和机构编制工作；负责离退休人员管理和服务工作；承办各县区人民防空办公室主任、副主任的任免征求意见的有关工作；贯彻落实国家人民防空法律、法规和方针政策；负责规范性文件拟定和行政执法工作；承办人民防空行政复议、行政诉讼工作。

工程管理科

负责拟定市人民防空工程建设总体规划和年度计划；审核城市总体规划中贯彻人民防空要求的内容；负责人民防空工程建设管理工作；指导监督人民防空工程维护管理、地下空间开发利用和平战转换措施落实；负责人民防空工程科学技术研究和成果应用。

指挥通信科

负责拟定城市防空袭预案、重要目标防护方案和各种保障方案；指导人民防空组织指挥体系、专业队伍建设和防空防灾演练；负责人民防空通信、警报、信息网络规划、建设、维护、战备值勤、技术管理和各项保障工作；拟定利用人民防空战备资源参与应急救援方案、城市人口疏散方案和各种保障计划；制定疏散地域、应急避难场所建设规划、计划；战时组织城市人民防空袭斗争，参与组织消除空袭后果，恢复生产和生活秩序；负责人防宣传教育工作。

财务管理科

负责全市人民防空财务管理工作；负责编制、审核人民防空年度经费预决算；负责组织实施会计核算、财务管理和内部审计工作；负责人民防空易地建设费、社会负担经费的征缴和管理；负责人民防空国有资产管理。

行政审核审批科

负责本部门的行政审核审批工作。

纪检（监察）机构和机关党组织按有关规定设置。