中南大学湘雅三医院于1989年11月28日奠基，1992年12月8日开诊，作为湘雅系中的后起之秀，湘雅三医院经过30年发展，形成了移植医学、微创医学、健康管理三大特色医疗技术品牌。

截至2019年11月，位居复旦版中国医院排行榜年度进步最快排行榜第7名；全国医院医工结合排行榜第13名；在国家卫生健康委满意度评比中，患者、医务人员双满意度总分排名全国第6位。

2019年11月28日，“2019健康新势力创新发展高峰论坛”在长沙举行之际，中南大学湘雅三医院迎来了30周岁生日。医院以学术活动的形式，庆祝建院30周年。

2020年6月，入选湖南省开展新冠病毒核酸检测的医疗卫生机构名单。

2025年6月，全省首家“急性髓系白血病规范化诊疗中心”在中南大学湘雅三医院授牌。