2011年12月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第三批全国文明单位”荣誉称号。

2021年4月15日，重庆市轨道交通（集团）有限公司被中共重庆市委、重庆市人民政府授予“重庆市脱贫攻坚先进集体”称号。

2022年4月20日，重庆市轨道交通（集团）有限公司运营管理中心运营三公司客服管理部观音桥中心站团支部入选2022年“重庆市五四红旗团支部”拟表彰单位公示名单。

2024年1月，重庆市轨道交通（集团）有限公司参建的重庆轨道交通环线工程荣获第二十届第二批中国土木工程詹天佑奖。