2019年11月，重庆市卫生健康委员会妇幼处获得“全国维护妇女儿童权益先进集体”荣誉称号。

2020年10月19日，被重庆市委、重庆市人民政府授予“重庆市抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。

2021年4月19日，重庆市卫生健康委员会医政医管处被中华全国总工会授予“全国五一巾帼标兵岗”荣誉称号。

2021年6月25日，重庆市卫生健康委员会健康促进处党支部被表彰为“市直机关先进基层党组织”。

2022年8月，重庆市卫生健康委员会疾病预防控制处被表彰为全国“人民满意的公务员集体”。