清末，定海城区成立县商会，1950年初自行解体。同年5月复建县商会。1951年2月，成立定海县城关镇工商业联合会筹备组，马龙图为主任委员，会员782户；1952年8月，改为定海城区工商联，主委张奏锷。1959年7月，成立舟山县工商联，徐雨茀为主委。1986年7月恢复活动。1987年12月，舟山市工商业联合会成立。 1992年6月，增挂舟山市商会牌子。2008年2月23日，舟山市总商会成立。

截至2010年12月底，舟山市共有会员2544个，基层组织34个，其中乡镇（街道）商会21个、行业商会5个、异地商会5个、联谊会1个、直属商会2个。