1956年9月25日，上海化工研究院正式成立，隶属国家化学工业部，是全国第一批重点化学工业研究院。

1999年7月，由事业单位转制为科技型企业，隶属上海市经济委员会。

2004年1月，隶属上海市国有资产监督管理委员会。

2016年12月，实施公司制改制，更名为上海化工研究院有限公司。

2019年，根据上海市委、市政府的决策部署，上海华谊(集团)公司与上海化工研究院有限公司实施联合重组。

2022年10月，上海市环境保护产业协会土壤污染防治专委会在上海建工宝山南大土壤修复工厂正式揭牌成立。上海化工研究院有限公司当选为副主任单位。