雾霾事件

2014年10月19早上8点，北京的pm 2·5指数已经达到了331，三个小时之后该项数据逼近400。很多选手戴着口罩甚至防毒面具上阵。比赛期间，部分选手出现剧烈咳嗽，又有多人中途退赛。一位业余选手吐槽：“跑了半程下来，发现流出的鼻涕都是黑色的，咳出来的痰也是黑的。”

尿红墙事件

2013年10月20日，2013年北京马拉松举行，由于赛会组织方设置的流动厕所和公厕有限，很多选手都“就地解决”甚至出现了地面上“水”流成河的情况。

日本国籍事件

2012年11月10日，媒体报道自2012年11月8日起北京马拉松赛开始进行网络报名以来，在国籍选项中始终没有“日本”选项。该报道暗示，中国因钓鱼岛问题将日本排除在外。

国家体育总局田管中心副主任、中国田径协会副主席沈纯德随后正面回应称，北京马拉松并未拒绝日本选手，北马自创办以来一直以开放的姿态欢迎世界各个国家和地区的马拉松爱好者前来参赛。按照往年情况，日本选手基本都是集体参赛，因此北京马拉松官方网站没有开放对日本选手的个人报名。

咸猪手事件

转卖名额事件

2019年10月，北京马拉松组委会发出公告，严禁私下购买、转让参赛名额。2019年北京马拉松预报名人数超16万，中签率仅16%左右，再创历年新低。一些网络交易平台上，有人叫价数千元转卖参赛名额。大赛组委：私下购买、转让参赛名额，经非法渠道获取名额参赛是违法行为，涉事者将被禁赛乃至终身禁赛。