根据上述职责，固原市供销合作社联合社内设机构3个。

（一）办公室（监事会办公室与其合署办公）。负责协调和督办机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、档案、信息、保密、信访、创城、外宣、政务公开等工作；负责机关及所属单位的人事工作；承担社代会、理事会、监事会换届和届中调整的有关工作；负责离退休人员的管理和服务工作；负责机关党的建设、精神文明建设、党风廉政建设、社会治安综合治理工作，指导所属单位的党群工作。

（二）合作指导科。负责拟订全市合作经济的中长期发展规划和年度计划；指导全市供销合作社及基层供销社的改革发展工作；指导农村合作经济组织、农村各种民间流通组织参与农业产业化经营的工作；参与农村综合服务体系建设；指导全市农村合作经济组织联合会和农产品经纪人协会的工作；组织对重大项目的申报、评估；组织开展对社员的教育与培训工作；开展农产品经纪人和农村合作经济组织发展的相关培训；指导成员社的组织建设，促进基层社加强民主管理，协调成员社关系，维护合作组织的合法权益；对重要农业生产资料、再生资源及其他商品的经营进行组织、协调和监督；为全市供销合作社、农民经纪人、专业合作经济组织提供信息服务；承担供销社系统科技开发、技术引进和推广应用工作。

（三）资产监督管理科。承担本系统经济发展统计和财务运行情况分析工作，指导下级社完成各项统计工作任务；承担社有资产管理、合作发展基金管理使用、组织资金调剂、监督资金使用工作；负责内部审计和机关财务管理工作；指导社属企业改革工作；监督企业安全生产工作。