2020年12月，被授予“广州市抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。

2021年8月，广州医科大学附属第二医院重症医学科被命名为“第20届全国青年文明号“。

2022年4月，广州医科大学附属第二医院急诊科被授予“2022年全国工人先锋号”。

2023年12月，被命名为2023年度广州市健康促进医院。

2024年3月，荣获第十批广东省学雷锋活动示范点。

2024年6月28日，荣获2024年度健康科普卓越传播奖。

2024年10月，广州医科大学附属第二医院工会委员会被授予“全国模范职工之家”称号。