（一）办公室。负责机关文电、会务、机要、保密、档案、信息、宣传、统计、信访、财务、行政、安全等工作；管理监督机关和直属单位的财务收支情况；负责协调特约审计员工作。

（二）监督审理科。起草审计工作的规范性文件；参与起草财政经济方面的规范性文件和政策；审理有关审计业务事项；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；编制审计工作规划，安排年度审计项目计划；依法核查审计决定执行情况，督促纠正和处理审计发现的问题，协助配合有关部门查处机关重大案件；承担机关行政复议、行政应诉等工作。

（三）财金审计科。负责审计市级预算执行和其他财政收支情况，拟定市级财政预算执行情况的审计实施方案，汇总审计结果；负责审计市级财政组织预算执行情况、市地方税务系统税收征管情况、市级国库办理市级预算资金的收纳拨付情况、县（市）区政府预算执行、决算及其他财政收支情况；负责审计市财政局、地方税务局等部门及其下属单位的财务收支状况；开展相关专项审计调查。负责审计市级国有金融机构。

（四）农业与资源环保审计科。负责审计市级主管部门和各县（市）区政府管理的农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金；开展相关专项审计调查。

（五）固定资产投资审计科。负责对市重点建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督，对市级政府投资的建设项目预算执行情况和决算进行审计监督；审计市政府有关部门的财务收支；开展相关专项审计调查。

（六）经贸审计科。负责审计市政府有关部门及直属单位的财务收支；负责审计市级国有企业和市政府规定的市级国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查。

（七）社会保障审计科。负责审计市政府有关部门及直属单位的财务收支；负责审计市政府主管部门、县（市）区政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障资金、社会捐赠资金、彩票公益金；开展相关专项审计调查。

（八）外资运用审计科。负责审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支；开展相关专项审计调查。

（九）经济责任审计一科。负责对全市党政领导干部实施经济责任审计；承担焦作市经济责任审计领导小组办公室的日常工作。

（十）经济责任审计二科。负责市直事业单位、国有企业和国有控股企业领导人实施经济责任审计。

（十一）行政事业审计一科。负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大、政协机关的财务收支；负责审计市直有关部门及直属单位的财务收支；开展相关专项审计调查。

（十二）行政事业审计二科。负责审计与市财政有拨缴款关系的科学、教育、文化、卫生、体育和社会团体、事业单位及直属单位的财务收支；开展相关专项审计调查。

（十三）人事科。负责机关及直属单位的教育培训、党群、人事和机构编制管理工作；承办协管县（市）区审计机关负责人有关事项；组织和指导全市审计系统的教育培训工作；指导全市审计系统的精神文明建设。

（十四）离退休干部工作科。负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。