清朝光绪三十三年（1907年），太仓州属中学堂（溯源为清朝太仓州考试院）建立，后演变为太仓市第一中学高中部。

1995年，学校实行初高中分设，时名太仓高级中学；同年7月，学校新校落成并开始独立招生。

1997年3月，学校被确认为江苏省重点高级中学。

1998年7月，更名为“江苏省太仓高级中学”。

1999年4月，被确认为江苏省“国家级示范高级中学”。

2004年3月，转评为“江苏省四星级普通高级中学”。

2009年，学校通过普通高中星级评估复审。

2011年8月，学校整体搬迁至太仓科教新城。

2016年12月，入选苏派名校联盟学校。

2017年6月，学校通过普通高中星级评估复审；同年8月，入选全国中学生基础学科创新能力大赛人才培养基地；同月，入选第一届全国创新数学大赛人才培养基地；9月，入选江苏省stem教育项目试点学校。

2019年1月，学校入选新教师培养基地学校。

2021年1月，被评为江苏省第三批省级教师发展示范基地。