经过1994年以来五次机构改革和事业结构调整，到2018年建立了气象行政管理、基本气象系统、气象科技服务组成的新型事业结构。全市共有8个区、市、县、自治县设有气象局，市中区、沙湾区和金口河区3个区暂无气象主管机构。

全市气象部门实行“气象部门与地方人民政府双重领导、以气象部门为主”的领导管理体制，乐山市气象局有内设机构4个，直属单位7个，8个县（区、市）气象局，1个地气象台，10个地面气象观测站（ 其中艰苦气象站5个，占50%）、1个天气雷达站（雷达区站号z9833）。

内设机构：办公室、人事教育科、业务科技（法规）科、计划财务科。

事业单位：乐山气象站、乐山市气象台、乐山市气象信息中心、乐山市气象探测中心、乐山市公共气象服务中心、乐山市气象局财务核算中心。

地方气象机构:：乐山市人工影响天气办公室、乐山市农业气象中心、乐山市防雷中心。

管辖单位：峨眉山市气象局、峨眉山气象站、峨边彝族自治县气象局、夹江县气象局、犍为县气象局、井研县气象局、马边彝族自治县气象局、沐川县气象局、五通桥区气象局。