区直机构：党政办公室、组织部（挂老干部局、人力资源和社会保障局牌子）、宣传统战部、政法委员会（挂信访局牌子）、文化和旅游局、景区管理局、经济发展局、社会发展局、财政金融审计局（挂国有资产监督管理办公室牌子）、农业农村局（挂乡村振兴局牌子）、住房和城乡建设局（挂地质公园管理局牌子）、应急管理局（挂综合执法局牌子）、机关党委、机关纪委，工会、团委、妇联。

区直属事业单位：机关事务服务中心、游客服务中心、金沙国家级旅游度假区管理委员会、经济社会服务中心（退役军人服务中心）、自然遗产保护中心（世界地质公园保护中心）、奉献园红色教育基地服务中心、财政公共服务中心、生态林场、港首便民服务中心、三清山医院、三清乡卫生院，三清山学校，枫林中心小学、西坑中心小学。

区属国有企业：兴财公司、旅开公司

区辖乡镇办：三清乡、枫林镇、港首办事处，辖区人口2·65万人。

驻区单位：上饶市纪委监委驻区纪检监察组，上饶市公安局三清山公安分局，上饶市交警支队三清山交警大队，三清山消防救援大队、上饶市自然资源局三清山分局、国家税务总局三清山税务局、上饶市市场监督管理局三清山分局，三清山公路事业发展中心，上饶市交通运输执法大队第五大队，三清山供电公司，上饶银行三清山支行等。