2019年12月3日，被中共福建省委全面依法治省委员会办公室、福建省司法厅评为“福建省‘七五’普法中期先进集体”。

2020年12月15日，被确定为“2019-2020年节约型公共机构示范单位”。

2021年11月，国家税务总局厦门市税务局办公室被全国普法办公室拟表彰为2016-2020年全国普法工作先进单位。

2022年5月，国家税务总局厦门市税务局直属机关团委被授予“福建省五四红旗团委”称号。

2025年5月，国家税务总局厦门市税务局稽查局入选第七届全国文明单位名单。