根据上述职责，市财政局设14个职能科(室)

(一)办公室

结合协调机关日常政务；负责有关重要会议的组织；调查研究财政政策；起草和修改有关重要报告和文件；管理财政信息、宣传和新闻发布工作；负责督办工作；负责管理文电、机要、档案、保密、信访和机关财务等工作。

(二)法规税政科

审核本局制定的各类重要的规范性文件；审核市级各部门制定的涉及财政条款的规范性文件；承担行政复议和行政诉讼的应诉代理工作；组织全市财政系统干部法制培训和法制宣传教育工作；参与制定中长期税收计划；负责审核地方税收减免、退税、先征后返等方面的制度；研究影响财政预算收入的临时和特案减免税方面的政策并提出相应建议；会同有关科室监督税收法规和政策的执行情况，负责税收资源的普查统计分析工作。

(三)预算科

编制年度市级预算草案；汇总制度地方预决算；管理财政专项资金；负责市级财政周转金的清理整顿工作；汇总审定各部门人员经费和公用经费支出标准和定额；审查和批复部门预算；提出增收节支和平衡财政收支的政策措施与建议；统一办理预算追加事宜；负责市级对镇办的财政转移支付，指导镇办预算管理工作；承担与市人大财经委员会的有关联络事宜；负责财政审计的有关工作；提出并拟定金库管理制度和政府总预算会计制度；负责市级财政资金调度；跟踪分析市财政预算执行情况；汇总批复市级部门决算，编制市级财政总决算；办理预算内外资金收支结算划拨，统一管理市级财政的银行开户；研究和推行国库集中支付制度。

(四)行政政法科

负责掌握分管部门业务的基本情况，并参与分管部门行业发展规划和相关政策、制度的研究制度工作；负责制定行政性经费的财务管理制度；负责外事财务制度的拟定；管理援外经费；会同分管部门研究提出经费开支标准、定额建议；研究提出下年度预算编制部门需考虑的因素；研究提出财政支持的项目，组织可行性分析论证，拟定预算安排的重点及次序；审核提出下年度专项资金支出预算建议；对专项资金追踪问效，监督项目实施中资金的管理使用和配套到位情况，进行项目完成后的效益考核；拟定部门、单位的项目资金使用的财务管理办法；审核分管部门和单位的年度财务决算。

(五)教科文科

负责制定事业性经费的财务管理制度，组织指导修订事业单位财务制度；会同分管部门研究提出经费开支标准定额建议；研究提出下年度预算编制部门需考虑的因素；研究提出财政支持的项目，组织可行性分析论证，拟定预算安排的重点及次序；审核提出下年度事业发展专项资金支出预算建议；对专项资金追踪问效，监督项目实施中资金的管理使用和配套到位情况，进行项目完成拍的效益考核；制定部门、单位和项目资金使用的财务管理办法；审核分管部门和单位的年度财务决算。

(六)经济建设科

负责与有关部门在财政投资领域的政策协调；会同分管部门研究提出经费开支标准、定额建议；研究提出下年度预算编制部门需考虑的因素；研究提出支持的项目，组织可行性分析论证，拟定预算安排的重点及次序；审核提出下年度专项资金支出预算建议；对专项资金追踪问效，监督项目实施中资金的管理使用和配套到位情况，进行项目完成后的效益考核；制定部门、单位和项目资金使用中的财务管理办法；审核分管部门和单位的年度财务决算。

(七)农业科

参与管理和分配财政扶贫资金和重点救灾防灾资金；管理扶贫等政策性支出专项贷款贴息；管理农业企业财务；会同分管部门研究提出经费开支标准、定额建议；研究提出下年度预算编制部门需考虑的因素；研究提出财政支持的项目，组织可行性分析论证，拟定预算安排的重点及次序；审核提出下年度专项资金支出预算建议；对专项资金追踪问效，监督项目实施中资金的管理使用和配套到位情况，进行项目完成后的效益考核；制定部门、单位的项目资金使用的财务管理办法；审核分管部门和单位的年度财务决算。

(八)社会保障科

参与编制市级社会保障预算草案；会同分管部门研究提出经费开支标准、定额建议；研究提出下年度预算编制部门需考虑的因素；研究提出财政支持的项目，组织可行性分析论证，拟定预算安排的重点及次序；审核提出下年度专项资金支出预算建议；对专项资金追踪问效，监督项目实施中资金的管理使用和配套到位情况，进行项目完成后的效益考核；制定全市社会保障部门、单位和项目资金使用的财务管理办法；审核部门和单位的决算，负责保障基金的管理；负责社会保障基金及其专户管理。

(九)企业科

组织指导制度及修订企业财务制度和企业国有资产基础管理的各项制度；参与研究因素与国有企业分配政策，提出调整建议；组织实施国有资产权属的界定、登记和转让；负责企业国有资产的基础管理工作，监督国有资产收益，并提出国有资产预算编制草案；管理与企业发展有关的资金；办理市级工交企业亏损补贴和税收返还的具体工作。

(十)商贸科

指导和监管国有粮食、供销社和商贸企事业单位财务，制定有关财务管理办法；研究制定全市粮、棉产销财政经济政策；筹措管理全市粮食风险基金；管理中央委托和省级粮、棉、油等重要生产生活资料储备资金和粮油差价补贴；组织协调督办全市粮食及供销社系统财务挂账处理工作；管理中央下拨和省级副食品风险基金及内贸企业政策性亏损补贴。

(十一)金融科

负责办理市政府外债的有关事宜；拟定市政府统借统还外债的国内转贷制度，编制和执行外国政府贷款、统借统还外债的还本付息年度预决算；负责外国政府贷款项目在仙桃市的有关业务往来，参与签订贷款协定的磋商与谈判；参与国际农业发展基金会贷款的转贷、偿还管理工作；负责市政府外债信用评级工作。

(十二)国际科

办理世界银行、亚洲开发银行贷款的谈判与磋商业务，做好委托有关金融机构、镇办或有关部门转贷工作；负责对统借自还的世界银行、亚洲开发银行贷款和有关联合融资贷款的对内回收、对外偿还及相应的资金管理。

(十三)统计评价科

负责拟定公共资源的统计评价政策；建立公共资源统计报告制度和统计评价指标体系；负责公共资源的统计分析，建立公共资源数据库；拟定清产核资的政策及有关制度和办法，组织实施清产核资工作。

(十四)人事教育科

负责局机关、直属事业单位的人事管理工作；指导全市财政系统的思想政治工作和精神文明建设；制定并组织实施财政系统的教育规划；负责局机关和直属单位的党群工作。

财政监督的综合职能、农税的征收管理职能、国有资产的监管职能、会计工作的指导和管理职能、政府采购的指导和监管职能分别委托市财政监督局、农税局、国有资产管理中心、会计局和政府采购中心承担。

纪检(监察)、工会机构按有关规定设置。