截至2024年5月，中国科学技术大学现有6个校区，分别是东、西、南、北、中、高新校区。学校总占地面积255·5万平方米，总建筑面积为154·59万平方米。

东校区位于安徽省合肥市包河区金寨路96号，是1970年代科大迁至合肥时的校区，常常又被称为老校区。西校区位于安徽省合肥市蜀山区黄山路443号，于1986年兴建。普通本科生均在东西区。

南校区位于安徽省合肥市包河区徽州大道1129号，北校区位于安徽省合肥市蜀山区金寨路与黄山路交口。南北区主要是研究生、成教生及一部分因未达到规定毕业学分而补修的实行弹性学制的学生。

中校区位于东校区与西校区之间，主要承担住宿以及东西区通勤的需求，向东通过地下通道与东区相连通，向西与西区隔肥西路相对，中间东西向的道路基本上是中区唯一的主干道。

高新校区位于安徽省合肥市高新区，距离现有校区13公里，规划范围为创新大道、燕子河路、石莲南路和柏堰湾路围合范围，规划总用地面积约103·2公顷，规划总建筑面积约116·2万平方米，其中：科研教学区建筑面积73·2万平方米，生活配套区建筑面积43万平方米。